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Horizon-Europe-Konsortium zur Aufklärung infektiöser, genetischer und umweltbedingter Trigger von sechs immunvermittelten chronischen Erkrankungen

ID-DarkMatter-NCD

Konsortium aus 13 europäischen Institutionen, Koordination in WienNeu auf Amplifa

2024Projektstart (Horizon Europe, Grant Agreement No. 101136582)

13Europäische Partnerinstitutionen

6.000+Tief profilierte Patientinnen und Patienten

600.000Antigene im PhIP-Seq-Screening

Über das Projekt

ID-DarkMatter-NCD ist ein von der EU im Rahmen von Horizon Europe gefördertes Forschungskonsortium (Grant Agreement No. 101136582), das seit Januar 2024 die infektiösen, genetischen und umweltbedingten Auslöser immunvermittelter, nicht-übertragbarer Erkrankungen (IR-NCDs) untersucht. Im Fokus stehen Post-COVID-19-Zustand (PCC), Multiple Sklerose, ME/CFS, Rheumatoide Arthritis, systemischer Lupus erythematodes und entzündliche Darmerkrankungen. Das Konsortium aus 13 europäischen Institutionen unter Koordination der Medizinischen Universität Wien profiliert über 6.000 Patientinnen und Patienten mit Multiomics-Verfahren: PhIP-Seq gegen 600.000 Antigene, Mikrobiom-Sequenzierung, Metabolomics, Whole Genome Sequencing sowie Genotypisierung von HLA- und Immunrezeptor-Genen. Machine-Learning-Verfahren dienen der Vorhersage von Erkrankungsrisiko, Progression und Therapieansprechen. Kausale Zusammenhänge werden in gnotobiotischen Mausmodellen validiert. Zu den Ergebnissen zählen Biomarker, prädiktive Algorithmen, Open-Access-Datensätze, ein Whitepaper sowie Proof-of-Concept-ELISA- und PCR-Testkits.

Standort: Wien
Verfahren: Multiomics-Profiling (PhIP-Seq, Mikrobiom-Sequenzierung, Metabolomics, Whole Genome Sequencing), Genotyping von HLA und adaptiven Immunrezeptor-Genen, Machine-Learning-basierte Vorhersage von Krankheitsrisiko und Therapieansprechen, Validierung in gnotobiotischen Mausmodellen, ELISA- und PCR-Testkits (Proof-of-Concept), Open-Access-Datensätze und Protokolle, Whitepaper
Werkstoffe: PhIP-Seq, Whole Genome Sequencing, Mikrobiom-Sequenzierung, Metabolomics, Machine Learning, ELISA- und PCR-Testkits, Gnotobiotische Mausmodelle
Zertifikate: Kohortendesign (klinisch + populationsbasiert), Kausale Validierung in Tiermodellen
Gegründet: 2024
Branchen: Life Sciences / Biomedizin, Immunologie, Infektionsforschung, Präzisionsmedizin, Public Health

01
Rekrutierung klinischer und populationsbasierter Kohorten
02
Multiomics-Profiling (PhIP-Seq, Mikrobiom, Metabolomics, WGS)
03
Genotypisierung von HLA- und Immunrezeptor-Genen
04
Machine-Learning-Analyse und Risikoprädiktion
05
Kausale Validierung in gnotobiotischen Mausmodellen
06
Entwicklung von Diagnostik-Konzepten und Publikation offener Datensätze

Methoden und Techniken

PhIP-Seq

Hochdurchsatz-Antikörperrepertoire-Profiling gegen über 600.000 bakterielle, virale und humane Autoantigene.

WGS

Whole Genome Sequencing

Genomweite Sequenzierung zur Erfassung genetischer Prädispositionsfaktoren.

Mikrobiom

Mikrobiom-Sequenzierung

Charakterisierung mikrobieller Zusammensetzung als potenzieller Krankheitstrigger.

Metabolomics

Metabolitprofiling als weitere omics-Ebene der Patientencharakterisierung.

Machine Learning

Vorhersage von Krankheitsrisiko, Progression und Therapieansprechen aus mehrschichtigen Datensätzen.

ELISA/PCR

ELISA- und PCR-Testkits

Proof-of-Concept-Diagnostika auf Basis identifizierter Biomarker.

Gnotobio

Gnotobiotische Mausmodelle

Kausale Validierung vermuteter Krankheitstrigger unter kontrollierten Bedingungen.

Konsortium

Medizinische Universität Wien

Projektkoordination

Ergebnisse und Deliverables

**Open-Access-Datensätze und Protokolle**Deliverable · Präzisionsmedizin

**Proof-of-Concept-ELISA- und PCR-Testkits**Diagnostik · Immunologie

**Whitepaper zu Methodik und Anwendungsfällen**Publikation · Public Health

**Prädiktive Algorithmen für Erkrankungsrisiko und Therapieansprechen**Machine Learning · Life Sciences

**Immunologische und genetische Biomarker**Biomarker · Immunologie

Einblicke in die Fertigung

Gefördert durch die Schweizerische Eidgenossenschaft

Branchen

Life Sciences / BiomedizinImmunologieInfektionsforschungPräzisionsmedizinPublic Health

Zusatzleistungen

Multiomics-Profiling (PhIP-Seq, Mikrobiom-Sequenzierung, Metabolomics, Whole Genome Sequencing)Genotyping von HLA und adaptiven Immunrezeptor-GenenMachine-Learning-basierte Vorhersage von Krankheitsrisiko und TherapieansprechenValidierung in gnotobiotischen MausmodellenELISA- und PCR-Testkits (Proof-of-Concept)Open-Access-Datensätze und ProtokolleWhitepaper

Referenzkunden

Europäische Union (Horizon Europe)Swiss State Secretariat for Education, Research and Innovation (SERI)

Datenqualität und Validierung

Erkenntnisse aus den omics-Daten werden in prädiagnostischen Proben und in gnotobiotischen Mausmodellen kausal validiert; das Kohortendesign kombiniert longitudinale klinische und populationsbasierte Datenquellen wie LifeLines.

Nachweis	Konsortium
Kohortendesign (klinisch + populationsbasiert)
Kausale Validierung in Tiermodellen

Projektverlauf

2024
Projektstart (Januar 2024), Kohortenselektion und Datenharmonisierung
2025
Checkpoint/Milestones laut Projekt-Timeline
2026
Checkpoint/Milestones laut Projekt-Timeline
2027
Checkpoint/Milestones laut Projekt-Timeline
2028
Projektende, finale Exploitationsstrategie